我校信息學院鄭杰課題組獲得國際計算生物醫藥領域DREAM 2019分項挑戰賽季軍

ON2019-12-28文章來源 信息科學與技術學院CATEGORY新聞

近日,由我校信息學院智能醫學信息研究中心主任鄭杰教授指導,2019級碩士研究生戴昕男、汪潔,2020級準研究生(保送生)徐凡,以及英國曼徹斯特大學Piyush Mundra博士(曾任鄭杰教授的博士后研究員)組成的SingleCellLand隊,在2019屆DREAM挑戰賽第一個分項挑戰中榮獲第三名。

DREAM Challenge是目前國際計算生物醫藥領域最具影響力的算法挑戰賽之一。該挑戰賽始于2006年,已連續舉辦12屆。作為開放數據建模競賽,每屆DREAM競賽設計不同的生物醫療相關的任務主題,并提供開放測試數據,由參賽隊進行建模和算法設計,由組織方進行驗證并根據預測結果決定優勝者。

本屆挑戰賽有來自全球的291支包括國內外眾多高校與企業的隊伍參賽。上科大鄭杰課題組首次參賽即在第一個分項挑戰中獲得第三名的好成績,其中第一名所屬的碳云智能公司是國內知名的智能醫療獨角獸企業,第二名來自美國內華達大學。鄭杰課題組的研究重點是開發應用數據科學、人工智能、認知計算等前沿技術,在生物信息學、健康醫療大數據等領域研發新算法,解答生物醫藥方面的問題,提高公眾健康水平。

本次DREAM挑戰賽主題是Single Cell Signaling in Breast Cancer。參賽隊伍需要根據組織者提供的藥物反應單細胞數據,考慮細胞間異質性對藥物反應的影響,對缺失數據進行填補,從而預測乳腺癌細胞在特定藥物作用下的反應。

在本次比賽中,隊員面對的一大挑戰是需要兼有生物學與信息學的知識。SingleCellLand隊充分發揮信息學院學科交叉的優勢,將新穎且合適的機器學習算法應用到單細胞藥物反應預測中。參賽隊員戴昕男和汪潔表示此前在跨學科課程《人工智能在科學與工程學的應用》與《生物信息學:軟件開發與應用》課程(均由鄭杰教授組織開設)中獲得的計算機科學和生命科學結合的訓練,為本次DREAM挑戰賽提供了知識和經驗基礎。此外,免疫化學所的蔣立春老師也為參賽隊在生物學背景知識方面進行了答疑。

健康醫療大數據應用的發展已被納入國家大數據戰略布局,醫療大數據成為國家重要的基礎性戰略資源。如何應用AI等前沿信息技術對醫療大數據進行挖掘,是國內外眾多研究機構的研究熱點。通過此次參賽,鄭杰課題組展示了對生物醫學數據進行建模和精準預測的出色能力,參賽學生在信息科學和生命科學的交叉領域進行了一次實踐,與國內外參賽隊伍切磋交流,體會了學以致用,開拓了視野。

上科大SingleCellLand團隊合影(從左到右:徐凡,汪潔,戴昕男,鄭杰)